macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

ヒトゲノム解析

ヒトゲノムのmulti-deletion、duplication、inversion、deletionなどのSVsを検出するSVelter

インストール 依存 Cython Github https://github.com/mills-lab/svelter git clone https://github.com/mills-lab/svelter.git cd svelter python setup.py install --user export PATH=$PATH:$HOME/.local/bin $ svelter.py SVelter-0.1 Contact: xuefzhao…

Synteny blockを検出して、染色体の類似領域を可視化する Cinteny

Cintenyは類似の生物間のゲノム配列を比較し、Synteny block(wiki)で描画するツール。人やマウスなどのデータについてはビルド済みのwebサーバーが提供されており、すぐにゲノム比較を行うことができる。 webサーバー http://cinteny.cchmc.org 使い方につ…

ゲノムを比較し、染色体間の組み替えを可視化する SMASH

SMASHは2つの相同なゲノム(染色体)を比較し、組み替えを見つけて結果をビジュアル出力できるツール。解析にはNGSのデータなどは必要としない。純粋にchromosomeの配列だけを使って相同性のある部位や組み替え部位が検出される。霊長類のような大きなゲノ…

プライマーがどれだけユニークか調べるwebツール GenomeTester 1.3

GenomeTester 1.3はプライマーペアの結合サイトをゲノム全体から調べて、どれだけの断片が増幅されるのか予測するツール。データベース化されたヒトゲノムといくつかのモデル真核生物ゲノムで使用できる。 webサーバー http://bioinfo.ebc.ee/genometester/ …

アライメントフリーでk-merデータベースから高速にバリアントを検出する FastGT

公式HP http://bioinfo.ut.ee/FastGT/index.php?r=site/index チュートリアル http://bioinfo.ut.ee/FastGT/index.php?r=site/page&view=manual k-merデータベース(ヒトゲノムのみ) http://bioinfo.ut.ee/FastGT/index.php?r=site/page&view=kmers 公式サ…