macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

バイオインフォ解析で使えそうなコマンド、tips

NCBIで全データを一度にblast解析し、得られたリストをEntrez Directでアノテーションに変換する。

複数の配列のblast解析を行う場合、ローカルでデータベースなどを構築して進めるのが一つの手である。しかしローカルだとデータベースの更新や、データサイズが問題になる(例えばnrのデータも2015年にダウンロードすると200GBを超えていた)。 ネットワーク…

インフォマティクス解析に使えるコマンドの紹介1 excelからのデータ抽出

バイオインフォマティクス解析の初心者の方が、ターミナル環境を扱う際に知ってると便利そうなコマンド、tipsなどを紹介していきます。 Excelの重たい解析データも、ターミナルで操作すればサクサク扱うことができます。ということで、最初は 1、Excelファ…