macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

ナノポア

ナノポアのONTリードのシミュレーター NanoSim

NanoSImは2017年に発表されたOxford nanoporeのロングリードのシミュレーター。ユーザーが指定したONTリードからプロファイルを作成し、それに基づいてロングリードを発生させることができる。 インストール Github https://github.com/bcgsc/NanoSim 依存 L…

Oxford NanoporeリードのFAST5 => FASTA / FASTQ変換

MNIONのシーケンスデータはFAST5というフォーマットで出力される。FAST5はHDF5という時系列データ関係でよく使われる形式に乗っ取っているらしい。塩基配列になっていないバイナリーなデータのため、ビューアソフトで開いても文字化けしてしまう。 このデー…

Oxford Nanoporeリードのアセンブリ パフォーマンス比較

S. cerevisiaeとE.coli K12をilluminaとnanoporeで読んだ論文のデータ が公開されている。 http://schatzlab.cshl.edu/data/nanocorr/ このデータを使い、2017年6月現在のナノポアリードのパフォーマンスを調べてみる。 上記URLからMinionとilluminaのシーケ…

ナノポアのアセンブルデータのキュレーション及び変異の検出 nanopolish

ナノポアリードでアセンブルしたcontigのエラーを修復し精度を上げるためのプログラム。変異のコールや推定メチル化サイトの検出の行うことができる。 インストールから動作まで見ていく。 誤りが見つかったため、初投稿からいくつか内容を修正しています。 …

Oxford Nanoporeリードのアセンブリ smartdenovo

Githubリンク smartdenovo/README.md at master · ruanjue/smartdenovo · GitHub インストールからランまでの流れを見ていく。 git clone https://github.com/ruanjue/smartdenovo.git && (cd smartdenovo; make) gitでダウンロードし、カレントディレクトリ…

ナノポアのアダプタートリミングツール Porechop

PorechopはOXford Nanoporeのリードのアダプタートリミングツール。データベースを保持しており、自動でアダプター配列を認識し除去してくれる。マルチプレックスのidnex配列を除く機能も持つ。 ダウンロードリンク GitHub - rrwick/Porechop: Adapter trimm…

Oxford Nanoporeリードのアセンブリ MiniasmとNanopolish

MiniasmはPacbioのロングリードやナノポアのロングリードのアセンブルツールで2015年に論文が発表された (ref.1)。アルゴリズムはオーバーラップ法になる。アセンブル時間が非常に短いのが特徴で、ナノポアリードのアセンブルの比較ペーパーでは、競合アセン…

Oxford Nanoporeリードのアセンブリ canu

セレラのアセンブラのforkとして派生してできたCanuというアセンブラが良さげである。CanuはPacbioやnanoporeなどの1分子シーケンス用のアセンブラとして開発された。 下記にはCanuを使ってヒトゲノムのアセンブリを行った例が紹介されている。 canuはPBcR…

Oxford Nanoporeリードのマッピング

bwa memとLASTがナノポア向けにチューニングされたとナノポア公式ページでアナウンスされている。 https://nanoporetech.com/publications/bwa-and-last-have-been-tuned-work-nanopore-reads bwa memはショートリード時代から1Mbpのリードのマッピングに対…