macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

ナノポア

nanocorrectでロングリードを修正する

nanocorrectはナノポアリードをpolishする方法論。速度が遅いのが欠点らしく、後継としてnaonpolishが発表されている(リンク)。 インストール 依存 daligner DAZZ_DB POA 全てbrewで導入できる。 Github https://github.com/jts/nanocorrect ラン 最初にDA…

ナノポアのロングリードのトリミングやフィルタリングを行うNanofilt

nanofitはナノポアのロングリードのクオリティトリミングができるツールである。 インストール Github https://github.com/wdecoster/nanofilt conda install -c bioconda nanofilt ラン 5'末端75-bpの強制トリミングと、平均クオリティ10以下のリードを捨て…

ナノポアのロングリードの長さやクオリティを分析するnanostatとNanoPlot

ショートリード用のクオリティ分析ツールはナノポアのロングリードでは機能しないので、専用のツールが必要である。nanostatとNanoPlotはWouter De CosterさんがGithubで公開しているナノポアのロングリード分析ツール。クオリティや長さの分布を調べる時の…

ナノポアのロングリードを使うとアセンブルはどのくらい改善されるのか?

ハイクオリティなショートリードのデータに、ロングリード情報を混ぜ込むとどれくらいアセンブリは改善されるのか調べてみる。 Nがないコンプリートな真核ゲノムを使いたい。100M以下の生き物で調べたところ、シゾンが完全にFinishしていた。そこでまずはシ…

Minionでシーケンスを行う

Minionでシーケンスする流れを説明する。 ナノポアに関しては模索中の段階です。書いていることが必ずしも正しいとは限らないことに注意してください。 2017年10月現在、フローセル2個とrapid sequencing用の試薬が全て入ったお得なStarter kitを購入するこ…

NanoBLASTer でナノポアリードをアライメントする

NanoBLASTer はナノポア用のアライメントツール。S. cerevisiaeとEscherichia coliのゲノムリシーケンス解析で、LAST、BLAST、 BWA-MEM、GraphMap よりアライメント率が高く、ランニングタイムも短かったと主張されている。 ダウンロード Github https://git…

多機能なNGSの管理ツール BBtools 其の1

BBtoolsはアメリカのJGIが提供している多機能なNGS向けの解析ツール。2014年にオープンソース化されたらしい。論文は現在準備中とある。アライメントのBBmapや、オーバーラップがないペアリードをマージするBBMerge、エラーコレクションしたfastqを出力するB…

ナノポアのONTリードのシミュレーター NanoSim

NanoSImは2017年に発表されたOxford nanoporeのロングリードのシミュレーター。ユーザーが指定したONTリードからプロファイルを作成し、それに基づいてロングリードを発生させることができる。 インストール Github https://github.com/bcgsc/NanoSim 依存 L…

Oxford NanoporeリードのFAST5 => FASTA / FASTQ変換

MNIONのシーケンスデータはFAST5というフォーマットで出力される。FAST5はHDF5という時系列データ関係でよく使われる形式に乗っ取っているらしい。塩基配列になっていないバイナリーなデータのため、ビューアソフトで開いても文字化けしてしまう。 このデー…

Oxford Nanoporeリードのアセンブリ パフォーマンス比較

S. cerevisiaeとE.coli K12をilluminaとnanoporeで読んだ論文のデータ が公開されている。 http://schatzlab.cshl.edu/data/nanocorr/ このデータを使い、2017年6月現在のナノポアリードのパフォーマンスを調べてみる。 上記URLからMinionとilluminaのシーケ…

ナノポアのアセンブルデータのキュレーション及び変異の検出 nanopolish

ナノポアリードでアセンブルしたcontigのエラーを修復し精度を上げるためのプログラム。変異のコールや推定メチル化サイトの検出の行うことができる。 インストールから動作まで見ていく。 誤りが見つかったため、初投稿からいくつか内容を修正しています。 …

Oxford Nanoporeリードのアセンブリ smartdenovo

Githubリンク smartdenovo/README.md at master · ruanjue/smartdenovo · GitHub インストールからランまでの流れを見ていく。 git clone https://github.com/ruanjue/smartdenovo.git && (cd smartdenovo; make) gitでダウンロードし、カレントディレクトリ…

ナノポアのアダプタートリミングツール Porechop

PorechopはOXford Nanoporeのリードのアダプタートリミングツール。データベースを保持しており、自動でアダプター配列を認識し除去してくれる。マルチプレックスのidnex配列を除く機能も持つ。 ダウンロードリンク GitHub - rrwick/Porechop: Adapter trimm…

Oxford Nanoporeリードのアセンブリ MiniasmとNanopolish

MiniasmはPacbioのロングリードやナノポアのロングリードのアセンブルツールで2015年に論文が発表された (ref.1)。アルゴリズムはオーバーラップ法になる。アセンブル時間が非常に短いのが特徴で、ナノポアリードのアセンブルの比較ペーパーでは、競合アセン…

Oxford Nanoporeリードのアセンブリ canu

セレラのアセンブラのforkとして派生してできたCanuというアセンブラが良さげである。CanuはPacbioやnanoporeなどの1分子シーケンス用のアセンブラとして開発された。 下記にはCanuを使ってヒトゲノムのアセンブリを行った例が紹介されている。 canuはPBcR…

ナノポアリードの分析ツール

2017年現在、すでにOXford nanoporeの分析ツールは色々発表されている。いくつかインストールとして実際に使ってみた結果を紹介する。 NanoOK インストール マニュアルページ https://documentation.tgac.ac.uk/display/NANOOK/NanoOK+tutorial 本体以外に必…

Oxford Nanoporeリードのマッピング

bwa memとLASTがナノポア向けにチューニングされたとナノポア公式ページでアナウンスされている。 https://nanoporetech.com/publications/bwa-and-last-have-been-tuned-work-nanopore-reads bwa memはショートリード時代から1Mbpのリードのマッピングに対…