macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

トリミングツール

TagDust2によるアダンプタートリミング

TgaDust2は、アダプター、バーコード、単純リピートなどの不要な情報を見つけて除去するツール。2009年にTagDDustが発表され、その後2015年にTagDust2が発表された。 公式サイト TagDust インストール brewで導入できる。 brew install TagDust brewではTagD…

ナノポアのロングリードのトリミングやフィルタリングを行うNanofilt

nanofitはナノポアのロングリードのクオリティトリミングができるツールである。 インストール Github https://github.com/wdecoster/nanofilt conda install -c bioconda nanofilt ラン 5'末端75-bpの強制トリミングと、平均クオリティ10以下のリードを捨て…

AfterQCでQC、エラー修復、トリミング、レポート作成を自動実行する

AfterQCはfastqのフィルタリング、トリミング、エラー修復、およびクオリティチェックを全て自動で行なってくれるツールである。エラー修復はオーバーラップするペアードエンドリードのクオリティを比較して実行される。2017年に論文が発表された。 インスト…

condetriでクオリティトリミングを行う

condetriはペアリードを考量してクオリティトリミングが行えるperlのツール。 公式サイト https://code.google.com/archive/p/condetri/ マニュアル ダウンロードしたディレクトリにPDFマニュアルあり。 インストール 本体はperlスクリプトである。 GIthub h…

多機能なNGSの管理ツール BBtools 其の2

の続き。BBtoolsの残りのコマンドを紹介する。紹介するのは以下のコマンドである。 Reformat - フォーマット変換やクオリティトリミング。 Repair - ペアリードの順番が壊れたファイルを修復する。 Stats - アセンブリの基本情報をレポートする。 BBDuk - ク…

qrqcによるfastqのクオリティレポートの作成

qrqcは qrqcはリードのクオリティや配列の分布をレポートできるRのパッケージ。1000-bp以下のfastqに対応している。同様の目的で使用されるツールとしてfastqcがある。 インストール Rにて ## try http:// if https:// URLs are not supported source("https…

ベイズ的アプローチによるアダプタートリミングツール Scythe

Scytheはfastqのアダプター配列トリミングツール。ライブラリ調整過程でリード長より短い回断片が精製されてくると、3'末端側にアダプター配列のついた配列がシーケンスされる。これは例えばsmall RNAのシーケンスを想定するとわかりやすい。small-RNAのライ…

Nextera Mate Pair protocolのジャンクションプライマー除去ツール NxTrim

イルミナはmate pairシーケンスのキットも販売している。このプロトコルではNextraのトランスポゾンでタギングしたゲノムをセルフライゲーションさせて離れた配列を近づける。そのため中央にジャンクション配列が残る(図1 赤の配列)。NxTrimはそのジャン…

クオリティトリミングツール sickle

sickleはfastqのクオリティトリミングツール。リード長の0.1倍のウィンドウサイズでリードを分析し、指定値以下のクオリティになった領域をトリムする。Trimmomaticと同じようにペアリードの数を維持したまま出力することが可能である(orphanなリードは別出…

ショートリードのアダプタートリミングツール Trim Galore

これまで様々なアダプタートリミングツールが報告されてきている。OMIC toolsで検索すると、2017年6月で35件ヒットする(OMIC toolリンク)。その中でもFastQC、cutadapt、Fastx-toolkitなどはよく耳にする。Trim Galore!はFastQCとcutadaptを内部で動かし、…

ナノポアのアダプタートリミングツール Porechop

PorechopはOXford Nanoporeのリードのアダプタートリミングツール。データベースを保持しており、自動でアダプター配列を認識し除去してくれる。マルチプレックスのidnex配列を除く機能も持つ。 ダウンロードリンク GitHub - rrwick/Porechop: Adapter trimm…