macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

トランスポゾンの検出

複数のトランスポゾン検出ツールをまとめてインストールして、ランするスクリプト

Githubで公開されているmcclintockは複数のトランスポゾン検出ツールをまとめて走らせることができるツールである。以下の6つのツールを走らせてくれる。 ngs_te_mapper - Linheiro and Bergman (2012) RelocaTE - Robb et al. (2013) TEMP - Zhuang et al.…

トランスポゾン検出ツール5 RelocaTEとRelocaTE2

RelocaTE RelocaTEはゲノム中のトランスポゾンを検出する手法。トランスポゾンの配列を入力してランする。 検出するトランスポゾンの配列、ターゲット配列、などがわかっていないと正しく機能しない。 依存するもの Blat Bowtie 1 BioPerl SAMtools BWA Reco…

トランスポゾン検出ツール4 IS_mapper

見つけたいIS配列や抗生物質耐性カセット配列をあらかじめ入力することで、ペアエンド情報を使いISの位置を検出してくれるツール。バクテリア用に設計されており、macbook airなどのlaptopでも高速に動作する。トランスポゾンやマーカー遺伝子でタギングした…

トランスポゾン検出ツール3 Jitterbug

ショートリードのアライメントデータから、トランスポゾン挿入位置を検出するツール。入力はリファレンスにアライメントしたbamファイルで、トランスポゾン配列を準備してアライメントする必要はない。配列の位置がgff3で入力されていればよい。その代わりに…

トランスポゾン検出ツール2 ngs_te_mapper

ショートリードをリファレンスゲノムにアライメントし、de novoでトランスポゾン挿入部位を検出する。論文ではBLATをアライメントに使っていたが、gitでダウンロードできる現バージョンはbwaでアライメントを行うようになっている。トランスポゾン挿入時にト…

トランスポゾン検出ツール1 MELT

MELTは、iiluminaのペアエンドデータを使いリファレンスに存在しないmobile elementを検出するツール。以前1000 genomeで使われていたが、その後バージョンアップにより様々なゲノムに対応するようになった。SGEの分散コンピュータ環境から、SGEを使わない環…