ゲノム比較 (comparative genomics)
進化的比較ゲノム解析および集団ゲノム解析は、2つ以上のゲノム間の相同なヌクレオチド位置を記録するゲノム配列のアラインメントに基づいている。遺伝子アラインメントは３種類の文字のedit（ミスマッチ、挿入および欠失）のみを用いて記載されているが、ゲ…
オーソロガス遺伝子は、タンパク質または機能的RNA分子をコードする核酸のセクションであり、単一の祖先遺伝子から派生し、その後に種分化により分岐している[ref.1、2]。対照的に、パラロガスな遺伝子は、単一の種内の重複から生じたものである。 OrthoDB […
よく似たゲノム同士を直接比較して、変異がある遺伝子を検出したいことがあります。ここでは、コマンドラインのツールや商用ツールに頼らず、GUIで動作するツールを使ってゲノム比較する手順を書いてみます。 １、ソフトのインストール 前にも紹介しましたが…
2019 11/3 タイトル修正 これまでに特定されていない分類群を含む分類群の分類は、南極の乾燥した谷にある永久に氷に覆われた湖を含む、記載されていない生息地の微生物群集を特徴付ける重要なタスクである。現在の監視された系統発生ベースの方法は、そのよ…
2019 10/28 誤字修正、コメント追加、11/5 誤字修正、捕捉追加、11/6 追記 2020 2/21 インストールコマンド修正、3/4 ツイート追加、4/21 インストールの説明を修正、8/23 補足 、9/9 KBase補足、論文リンク追加、12/28 データベースダウンロードリンク更新 …
2020 3/3 論文追記 過去数十年にわたって、Genlisea aureaの63 Mb [ref.1]からPinus taedaの22 Gb [ref.2]までのサイズの多数の植物ゲノムアセンブリが生成された。このようなプロジェクトから生成されたゲノムリソースは、改良された作物品種の開発に貢献し…
2020 9/24 論文引用 完全な原核生物ゲノム間の構造的変化を視覚化することは、系統の違いの遺伝的基盤を特定するために重要である。これは通常、連続したペアワイズ比較または複数の線形の結果を線形レイアウトまたは環状レイアウトで表示することで実現され…
比較ゲノミクスには、特にシンテニー領域の挿入、欠失、および変異の特定のための、シーケンシングされたゲノムの比較が含まれる。複数のゲノムの特定の領域間のアライメントを視覚化することは、株や種の間の表現型の変化の根底にある遺伝子型の違いを識別…
パーソナルゲノミクスと比較ゲノミクスは、臨床診療とゲノム研究においてますます重要になっている2つの分野である。両方のフィールドは、配列の保存と構造の変化を発見するためにシーケンスアラインメントが必要である。ゲノム配列のアラインメントを処理す…
次世代シーケンス（NGS）テクノロジーの導入により、大量のゲノムシーケンスデータを生成できるようになった。これにより、個人のゲノムをシーケンシングしてde novoアセンブリすることが可能になった。約10年前、NGSテクノロジーにより、二倍体de novoゲノ…
2020 7/28 追記、タイトル修正 DNA-DNAハイブリダイゼーション（DDH）は、古細菌および細菌種の描写のための分類学的ゴールドスタンダードとして現在も使用されているウェットラボ法である。 2つのそれぞれの生物のゲノムDNAがDDHの類似性が70％未満であるこ…
私（論文のオーサー；hereafter、私）の最近の研究では、低品質の細菌ゲノム配列（ここでは「多くのコンティグを含むゲノム配列アセンブリ、最終的には明らかなミスアセンブリと未解決のプラスミド配列」と定義）を扱ってきた。主要な問題は、ゲノムのクオリ…
ヒトの場合は代表的なリファレンスゲノムもいまだ不完全であり、更新が繰り返されている。また、ゲノムがFinishしているスモールゲノムでも、株や系統の違いによる座標の違いがあり、研究によってはリファレンスゲノムを更新し、coding reginやexonなどのgen…
2019,11,15 paftools.js call のコマンドエラー修正 2019 11/26 vatiantコールコマンドのエラー修正 2021 7/21 コマンド例追加 Minimap2には、PAFフォーマットのアライメントを処理する（java）スクリプトpaftools.jsが付属している。paftoolsを使うことで、…
配列比較は、分子配列間の関係を研究するために広く使用されている。配列比較のための主なツールは、global（ref.1）およびlocal（ref.2）シーケンスアラインメントを含むアラインメントベースの方法である。 BLAST（ref.3）のようなアラインメントベースの…
2019 7/21追記 2019 10/2 コードエラー修正 2019 11/2 誤字修正 "PGAP-X: extension on pan-genome analysis pipeline"より パンゲノムの概念は2005年に提案されて以来[ref.1、2]、過去10年間でバクテリアゲノムの進化と動態を調査するために急速に採用され…
2019 6/15 誤字修正 ウイルスは、それらの恒常性および進化に寄与する微生物群集の必須の構成要素である。ヒトの腸内細菌叢のウイルス群集はバクテリオファージが支配的である[ref.1]。ファージは遺伝子水平伝播（HGT）[ref.2]によって細菌群集の構造と機能…
2019 6/10 誤字修正 2019 6/21 リンク追加 2021 6/3 論文引用 2セットの配列間のアラインメントを見つけることは、バイオインフォマティクスにおける基本的な作業である。ロングリードの解析、アセンブリ結果の評価、またはターゲットキャプチャープロトコル…
注意 2019 6/24 追記 6/25 編集 すでに比較されているデータについては問題ありませんが、手持ちのmulti-fsstaをアップロードして調べる場合、シングルラインのfastaににしておかないとそれぞれのfastaの先頭行のみ使ってしまうようです。以下のperlスクリプ…
2019 4/21 タイトル追加 2019 4/21 オーサーのJose Manuel Martíさんのコメント追加 2019 4/23 タイトル修正 2019 4/26 誤字修正 2019 dockerリンク追記 219 5/9 パラメータ追記 20206/13 ツイート追記 2020 6/14 condaインストール追記 メタゲノミクスによ…
グラフィックなゲノムマップは、ゲノムの特徴および配列の特徴を評価するために広く使用されている。 CGView（Circular Genome Viewer）ソフトウェアファミリーは、バクテリア、オルガネラ、ウイルスのゲノムマップを生成するためのツールの人気のあるコレク…
2019 12/17 論文引用追加 同じ種の半数体ゲノムは、典型的にはそれらのゲノム構造において高い類似性を示す広範囲のco-linear（シンテニー）領域を含む。しかし、これらのシンテニー領域は異なるハプロタイプにおける異なる方向および／または位置によって特…
2020 12/11 論文引用 マルティプルゲノムアラインメントは、集められたゲノム配列の集まり内の全ての高品質のmultiple local alignmentsを同定する問題である。それはバイオインフォマティクスにおける根本的な問題であり、リアレンジメント分析、系統発生再…
2019 6/9 bioconda インストール追記 同じ微生物種内の株を比較することは、病原性の原因となる遺伝子およびゲノム領域の同定、ならびに感染症の診断および治療に有効であることが証明されている。本稿では、Sibeliaという、反復de Bruijnグラフを使用して複…
2019 2/17 テスト環境の誤り修正 Mashツール[ref.1]のリリース以来、MinHashのようなデータスケッチは比較ゲノミクスにおいて有益になっている。それらは大規模データベースからのゲノムのクラスター化[ref.1]、特定のシーケンス内容を持つデータセットの検…
2020 2/12 タイトル修正 2020 2/20 コメント追加 2020 2/25 インストール手順修正 2020 10/5 コマンド微修正 2020 10/9 インストール微修正 このモジュールはいくつかの代替方法のうちの１つに従って平均ヌクレオチド同一性ANIを計算する。ANIは、DNA-DNAハ…
ゲノム（メタゲノムを含む）の数は急速に増加している。 近い将来、何百万ものゲノム間のペアワイズ距離を推定する必要があるかもしれない。 クラウドコンピューティングを使用しても、そのような推定を実行できるソフトウェアはほとんどない。マルチスレッ…
2019 2/12スライド追加 2019 10/29 インストール方法修正、論文引用とtwitter追記 2019 10/30 コマンド微修正 2019 11/5 コマンド記載ミス修正 2019 3/24 コマンド記載ミス修正 Oxford Nanopore TechnologiesとPacific Biosciencesによって商品化されたロン…
2019 7/5 関連ツール追記について追記 現代のバクテリアと古細菌の分類学の目標の1つは種の客観的定義である。分類を決定するプロセスは、新しいテクノロジーの出現により、時とともに継続的に改善されてきた。 PCRとそれに続く16S rRNA遺伝子のシークエンシ…
2019 7/5 インストールエラー修正 、twitter追記 2020 1/5 twitter追記、2/4 twitter追記、2/20 コマンド修正、2/27 help更新, コマンド修正、5/5 twitter追記 2022/04/15 コマンド例を追加 sourmashは、ゲノムデータのMinHash sketchesを作成、比較、操作す…
