macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

エラーコレクション

エラーコレクションツール FMOC

FMOCは(bwaやbowtieも使っている)FMインデックスを使ったエラー補正の方法論。ハイクオリティなデータセットであるなら、エラー補正能の感度は高いとされる。計算にかかる時間はKarectと同等(karectリンク)。 インストール cent OSに導入した。 本体 Git…

エラーコレクションツール BLESS2

BLESS、BLESS2はショートリードのエラー補正ツール。BLESSはやや遅いという問題点があった。BLESS2は並列化に対応することで高速化された。またメモリ効率、および精度の要素でもBLESSより改善しているとされる。特に複数のノードが使える条件でランタイムは…

ロングリードのハイブリッドエラーコレクションツール CoLoRMap

CoLoRMapはショートリードを使ったロングリードのエラー補正ツール。エラー補正によってPacbioのノイジーなロングリードのマッチ率が5~10%上昇する(blasrでアライメントして、マッチした領域内でリファレンスと一致した塩基の割合)。精度は他のツールと同…

検索可能な圧縮を行う BEETL

多くのインフォマティクスツールはzlibのAPIを介してgzip圧縮ファイルを直接読み込むことができるが、オーサーらはgzipより圧縮率が高く、ファイル内のk-merを紹介できるツールBEETLを開発した。BEETL (Burrows-Wheeler Extended Tool Library) はfastq、fas…

イルミナのエラーコレクションツール QuorUM

QuorUMはMaSuRCAなどにも組み込まれているエラーコレクションパイプライン。 インストール Github https://github.com/gmarcais/Quorum brewで導入できる( macではエラーになったのでubuntu14.4にlinuxbrewで入れた)。 > quorum --help user$ quorum --help …

Pacbioのエラーコレクションツール LoRMA

LoRMAはPacbioなどのロングリードのエラーコレクションツール。ロングリードのエラーコレクションは、ショートリードを使ったハイブリッドなエラーコレクション法とロングリード自身を使ったエラーコレクション法が報告されている。LoRMAは後者に属する方法…

Pacbioのハイブリッドエラーコレクションツール LoRDEC

LoRDECはショートリードを使ってロングリードのエラー補正を行う方法論。ロングリード自信によるエラー補正は深いカバレッジを必要とするためコストが高くなるデメリットを持つ。 LoRDECは低コストで高い信頼性をもつショートリードを使い、Pacbioのロングリ…

RNAのエラーコレクションツール Rcorrector

Rcorrectorはシーケンスカバレッジが異なるデータに適応可能なエラー補正の方法論。RNAのNGSデータだけでなく、カバレッジが不均一なシングルセルに対しても適応可能となっている(ウィルスも可能?)。もう一つのRNA用エラーコレクションツールSEECERより1…

エラーコレクションツール ACE

インストール cent OSに導入した。 Github https://github.com/sheikhizadeh/ACE/ brewで導入できる。 パスが通ったディレクトリに移動しておく。 user$ delly ********************************************************************** Program: Delly This…

エラーコレクションツール lighter

インストール cent OSに導入した。 Github https://github.com/mourisl/Lighter git clone https://github.com/mourisl/Lighter.gitcd Lighter/make./lighter #動作確認 ghter]$ lighter Usage: ./lighter [OPTIONS] OPTIONS: Required parameters: -r seq_f…

illuminaのエラーコレクションツール Musket

Musketはk-merスペクトルに基づいたエラー補正ツール。他のエラー補正ツールよりメモリ要求量が少ないとされている(ref.1)。 公式HP http://musket.sourceforge.net/homepage.htm インストール cent OSに導入した。 SourceForge http://sourceforge.net/pr…

エラーコレクションツール BFC

処理速度が非常に高速な事も特徴で、100MBのデータならおよそ10秒程度で処理できる(10スレッド使用時)。 インストール Github https://github.com/lh3/bfc git clone https://github.com/lh3/bfc.gitcd bfc/make./bfc -h #動作確認 user$ ./bfc -h Usage: …

エラーコレクションツール karect

De novo assemblyでは、シーケンスエラーを間違って足場に組み込んでしまうと、dead-endのグラフができたり、並列なパスができたり、あるいはキメラのパスができてしまう可能性がある。そのため、アセンブル前にエラーと思われるような低クオリティのリード…

多機能なNGSの管理ツール BBtools 其の1

BBtoolsはアメリカのJGIが提供している多機能なNGS向けの解析ツール。2014年にオープンソース化されたらしい。論文は現在準備中とある。アライメントのBBmapや、オーバーラップがないペアリードをマージするBBMerge、エラーコレクションしたfastqを出力するB…