macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

アダプタートリミング

ショートリードのアダプタートリミングツール

これまで様々なアダプタートリミングツールが報告されてきた。OMIC toolsで検索すると、2017年6月で35件ヒットする(OMIC toolリンク)。ただしFastQC、cutadapt、Fastx-toolkitなどよく使われるツールは限定されている。Trim Galore!はFastQCとcutadaptを内…

ナノポアのアダプタートリミングツール Porechop

PorechopはOXford Nanoporeのリードのアダプタートリミングツール。データベースを保持しており、自動でアダプター配列を認識し除去してくれる。マルチプレックスのidnex配列を除く機能も持つ。 ダウンロードリンク GitHub - rrwick/Porechop: Adapter trimm…