macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2021-04-18から1日間の記事一覧

de-novo assembled transcriptomeのORF予測を行う Borf

RNA-Seq解析やトランスクリプトームのアノテーションにおいて、de-novoでアセンブルされたトランスクリプトームのORF予測は重要なステップである。しかし、現在のアプローチでは、ストランド特異性や不完全に組み立てられた転写産物などの要因を適切に考慮し…

スモールオープンリーディングフレーム(smORF)を予測する ORFLine

2021 4/21 追記 100コドン以下(300ヌクレオチド以下)の小さなオープンリーディングフレーム(smORF)のアノテーションは、ゲノム上にそのような配列が多数存在するため、困難を極める。しかし、近年の次世代シーケンスおよびリボソームプロファイリングの…