macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2020-12-25から1日間の記事一覧

転写産物レベルで正確なリードカウントを行う RSEM

2021 1/9 タイトル修正 2021 1/15 コマンドと説明追記 RNA-Seqは転写産物の量を測定する方法に革命を起こしている。RNA-Seqデータからのトランスクリプトの定量における重要な課題は、複数の遺伝子やアイソフォームにマップされたリードの取り扱いである。こ…

ChIP-Atlas

代表的なモデル生物6種(ヒト、マウス、ラット、ミミズバエ、線虫、出芽酵母)から得られた公開されているクロマチン免疫沈降シークエンス(ChIP-seq)とDNase-seqデータ(n>70,000)を完全に統合し、ChIP-Atlas(http://chip-atlas.org)と名付けられたデー…