macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2020-12-07から1日間の記事一覧

transcriptomeアセンブリから主要なアイソフォームを選抜するTrinityのfilter_low_expr_transcripts.plスクリプト

Trinityに付属するスクリプトfilter_low_expr_transcripts.plは、align_and_estimate_abundance.plの出力(Bowtieアライナーを使用してRNA-SeqリードをTrinity転写物にアラインし、その後、RSEMを使って確率的アプローチでアバンダンス推定を実行した結果の…