macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2020-10-25から1日間の記事一覧

ORFを予測するEMBOSSの getorf

2020 10/26 誤字修正 このプログラムは、1つ以上のヌクレオチド配列中のオープンリーディングフレーム(ORF)の配列を検索して出力する。ORFは、2つのSTOPコドンの間、またはSTARTコドンとSTOPコドンの間の指定された最小サイズの領域として定義することができ…

(植物)葉緑体ゲノム配列を自動で完全にアノテーションする CPGAVAS2

葉緑体ゲノムの完全長配列は、種の進化の歴史に関する豊富な情報を提供している。次世代シークエンシング技術の進展に伴い、葉緑体ゲノムの完全配列の数は飛躍的に増加すると予想されており、ゲノム配列をアノテーションするための強力な計算機ツールが急務…

EST配列をゲノムにアラインメントするEMBOSSの est2genome

est2genomeは、スプライスされていないゲノムDNA配列にスプライスされたヌクレオチド配列(ESTのcDNAまたはmRNA)のセットをアラインメントし、必要に応じて任意の長さのイントロンを挿入するプログラムである。イントロン境界は、デフォルトではスプライス…

de novo transcriptomeの系統解析と機能解析を行うwebツール TRAPID 2.0

ハイスループットシーケンシングの進歩は、RNA-Seqトランスクリプトームデータの膨大な増加をもたらした。しかし、特定の組織、状態、単細胞生物、微生物群集での迅速な遺伝子発現プロファイリングが期待されているが、新たな計算上の課題もある。リファレン…

(NCBI)AMR遺伝子を探索する AMRFinderPlus

NCBIは、タンパク質アノテーションおよび/またはアセンブルされたヌクレオチド配列を用いて、AMR遺伝子、抵抗性関連の変異、および他のクラスの遺伝子を同定するツールであるAMRFinderPlusを開発した。AMRFinderPlusは病原体検出パイプラインで使用され、こ…