macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2019-12-22から1日間の記事一覧

edirectとSRA toolsを組み合わせてBioprojectのfastqを全てダウンロードする

タイトルの通り、Bioprojectの全fastqをダウンロードする。 インストール ubuntu18.04LTSでテストした。 Entrez Directのインストール apt update && apt install -y ncbi-entrez-direct#condaconda install entrez-direct fasterq-dumpは以前紹介しています…