macでインフォマティクス

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NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2019-09-13から1日間の記事一覧

リードやコンティグ配列のリード長ヒストグラム

pyfaidxとRのhistを使えばワンライナーで出力できる。 インストール #python (link)pip install pyfaidx 実行方法 FASTAファイルを指定する。 faidx --transform chromsizes input.fa | cut -f2 | Rscript -e 'data <- as.numeric (readLines ("stdin")); su…