macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2018-07-05から1日間の記事一覧

詳細なリードカウント情報を出力する bam-readcount

シングルエンドのデータをターゲットとしている。 ペアエンドは独立してカウントされる。 インストール mac os 10.13でテストした。 依存 git cmake 2.8.3+ (cmake.org) mac osにはcmakeは入ってません。brew install cmakeで入れるのが手っ取り早いです。 …

ロングリードのアライナー Meta-aligner

次世代シークエンシング(NGS)技術によって生成されるロングリードの数は急速に増加している。リファレンスゲノムへのこれらロングリードの効率的かつ正確なマッピングは、明らかに、リシーケンス解析、RNA-Seq、およびChIP-Seqなどのアプリケーションにお…

NGSデータからAMRのgenotypeを調べるARIBA

Antimicrobial resistance(AMR)(薬剤耐性。抗生物質耐性(AR or ABR)はAMRのサブクラス)は、ヒトの健康に対する主要な脅威の1つとなっており、世界中で年間700,000人の直接的な死因と推定されている[論文より ref.1]。この脅威に対処しなければ、この数…