macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2018-06-28から1日間の記事一覧

ゲノムのドットプロット解析を行うツール Dot

ゲノムをMUMmerのnucmerコマンドで相互にアライメントさせた後、ドットプロット(wiki)形式で視覚化するためのツール。 本体 Github(python3.6) https://github.com/dnanexus/dot また、このリポジトリをcloneし、Webブラウザでindex.htmlファイルを開く…

bam/samのカバレッジなどを計算する pysamstats

pysamstatsはsamのstatisticsを出力できるツール。pileup出力のほか、一定のbinサイズでの出力もできる。ライブラリとしての活用も視野に設計されている。 インストール 本体 Github Anacondaなどの環境下なら、condaで導入する。 conda install -c bioconda…