macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2018-06-24から1日間の記事一覧

fasta、fastqの簡単なstatisticsを出す Seqstats

SeqstatsはHeng Li(wiki)の優れたklibライブラリを使い、Cで書かれたツール。 シーケンスリード、リファレンスゲノムおよびアセンブリファイルの一般的な要約統計情報を提供する。 gzipまたはプレーンのfastqおよびfastaファイルを読み込むことができる。 …

選択的スプライシングを検出する SplAdder

Alternative splicing (AS)(以下、選択的スプライシング)は、成熟mRNAを高度に調節された様式で切断および再結合させ、それによって転写産物の複雑性を増加させるmRNAプロセシング機構である。生物に応じて、発現遺伝子の95%までが複数の転写産物に転写さ…

SPAdesのアセンブリを改善する Shovill

2019 7/16 インストールの説明の誤りエラー修正 SPAdesゲノムアセンブラは、バクテリアや他の真核微生物(主に1倍体)のIlluminaホールゲノムシーケンシング(WGS)データのデファクトスタンダードのアセンブラとなっている。 SPAdesはVelvetのような以前の…