macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2018-06-10から1日間の記事一覧

ターゲット遺伝子座のリファレンスガイドアセンブリを行う aTRAM2.0

2021 7/21 タイトル修正 大規模なシーケンスからの迅速な標的遺伝子座特異的なアセ​​ンブリは、現在、医学から広範囲の系統学までの応用分野で、生物学科学全体で一般的に使用されている。ターゲットアセンブリ手法は、完全なゲノムのデノボアセンブリと比較…

メタゲノムのgene-targeted assembler: MegaGTA

次世代シーケンシングは、近年のメタゲノミクスの研究を大きく促進してきた。これらの研究は、しばしば何百万から数十億のリードをde novoでアセンブリし、コンティグにして遺伝子アノテーションすることを含む。これは、メタゲノムのアセンブリ効率を大幅に…

MaSuRCA アセンブラ

2018/8/28,29 dockerコマンド等、分かりにくい部分を修正 2019 5/3 動作条件追記、6/12 hybrid assembly リンク追加、10/9 condaインストール追記、ONTのハイブリッド追記、12/22 condaインストール追記 2020 1/22リンク追記 2022/10/10 help更新、dockerイ…

高速かつメモリ使用量の少ないメタゲノムアセンブリツール MEGAHIT

2019 5/6 インストール方法修正、5/7 パラメータ追記、5/15 タイトル修正、5/19 リンク追加、5/17 タイトル再修正、パラメータ修正、6/3 コメント追加、7/27 condaインストール追記 2021 5/7 helpと インストール手順更新、7/21 リンク追加 2022 2/19 メモ追…