macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2018-06-10から1日間の記事一覧

gene-targeted assembler: aTRAM2.0

大規模なシーケンスからの迅速な標的遺伝子座特異的なアセ​​ンブリは、現在、医学から広範囲の系統学までの応用分野で、生物学科学全体で一般的に使用されている。ターゲットアセンブリ手法は、完全なゲノムのデノボアセンブリと比較してアセンブリの計算規…

メタゲノムのgene-targeted assembler: MegaGTA

次世代シーケンシングは、近年のメタゲノミクスの研究を大きく促進してきた。これらの研究は、しばしば何百万から数十億のリードをde novoでアセンブリし、コンティグにして遺伝子アノテーションすることを含む。これは、メタゲノムのアセンブリ効率を大幅に…

MaSuRCA アセンブラ

8/28,29 dockerコマンド等、分かりにくい部分を修正 2019 5/3 動作条件追記 2019 6/12 hybrid assembly リンク追加 2019 10/9 condaインストール追記、ONTのハイブリッド追記 2001年にヒトゲノムのドラフトバージョンが作成された後、800bpを超えるリード長…

高速かつメモリ使用量の少ないメタゲノムアセンブリツール MEGAHIT

2019 5/6 インストール方法修正 2019 5/7 パラメータ追記 2019 5/15 タイトル修正 2019 5/19 リンク追加 2019 5/17 タイトル再修正、パラメータ修正 2019 6/3 コメント追加 2019 7/27 condaインストール追記 次世代シーケンシング技術は、メタゲノミクスを研…