macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2018-04-08から1日間の記事一覧

RNA seqのシミュレータ polyester

RNA-seq実験は遺伝子発現を研究する手段としてますます普及が進んでいる。RNA-seqデータ(Oshlack et al、2010)の発現解析のための様々な統計的手法がある。 RNA-seqの統計的方法論の開発者は、ツールが正しく機能しているかどうかをテストする必要がある。…

低複雑度領域由来のリードを除去する RepeatSoaker

次世代シークエンシング(NGS)技術は、主に、DNA / RNAサンプルからの数百万回のリードの超並列シーケンシングに基づいており、リード長は増加している[論文より ref.1,2]。 NGSのコストは急速に低下し、その結果、転写を研究するためにマイクロアレイの使…

トリミングツール fqtrim

fqtrimは、アダプター、polyA tail、未知塩基(Ns)および低クオリティな3 '領域をトリミングできる多目的トリミングツール。アダプターとポリA配列の不正確なマッチングにも対応している。 このユーティリティは、複雑さの低い配列(ダスト)のフィルターを…