macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2018-03-31から1日間の記事一覧

color spaceのアライナー CUSHAW3

次世代シークエンシング(NGS)技術の出現と急速な進歩により、ショートリードアラインメントアルゴリズムの開発には相当量の研究努力が払われてきた。様々なショートリードアライナーが開発されており、機能性の点でさらに2つの世代に分類することができる…

SAMTools互換の高速なsam,bam,cram処理ツール elprep

2019 7/28 コマンド修正 2019 8/3 リンク追加 一般にDNA配列解析はマッピングとそれに続く分析からなる(論文 図1)。マッピング段階では、BWA [論文より ref.1]のようなアライメントツールを介して既知の参照ゲノムにマッピングされる。その後、マッピング…