macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2018-03-29から1日間の記事一覧

highly heterozygous なゲノムのアセンブリパイプライン Redundans

ショートリードからのゲノムアセンブリは、複雑な計算上の問題である。この課題に取り組むために、数多くのゲノムアセンブラが開発されている(論文より ref.1-5)。典型的には、シーケンス中にある程度の異種性(例えば、一倍体でない生物、細胞または個体…

ロングリードのエラーコレクション halc

第二世代シークエンシング技術の代表である Illuminaシークエンシング技術は、エラー率<1%(エラーは塩基置換が支配的)および $0.03–0.04 per million basesのコストで、数百塩基シーケンスできる[論文より ref.1]。ショートリードが低コストであるため、…