デノボゲノムアセンブリは、ロングリードシーケンシングおよびマッピングの進歩により、大きなゲノム上でますます扱いやすくなってきており、生物の系統樹全体にわたるより高品質でより数の多いリファレンスがもたらされている（Lee et al、2014; Roberts et…

Genetic variant の重要な特徴の1つは、その地理的分布である。地理的分布は、対立遺伝子が最初に出現した場所、それがどのようなpopulationsで広がっているのか、ならびにmigration、遺伝的浮動（wiki）、および自然選択がどのように作用したかを明らかにす…

ゲノムアイランド（GIs）は、一般に、バクテリアゲノムまたはアーキアゲノムにおける水平伝達が起源の遺伝子のクラスターとして定義される（wiki）。GIはゲノム進化の主要な推進因子であり、ニッチ（論文より ref.1,2）内のバクテリアおよびアーキアの適応度…

保存されたシンテニーは、共通のゲノムを共有することによって支持される遺伝子間の推測された相同性関係を指し、生物のすべての領域にわたって広く使用される測定法である（論文より Moreno-Hagelsieb et al, 2001; Engstrom et al, 2007; Heger Ponting 20…

Genome 10K Project（論文より ref.1）、 Bird 10,000 Genomes (B10K) Project（ref. 2）、i5k: Sequencing Five Thousand Arthropod Genomes Project（ref.3）など、様々な大規模ゲノムプロジェクトの成果とともに、様々な種から大量のゲノム配列が蓄積して…