macでインフォマティクス

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NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2018-03-20から1日間の記事一覧

   アンプリコンシーケンスのエラー率を見積もり変異を検出する NGS-eval

微生物遺伝マーカー(MGMs)は、系統分類およびtaxonomy分析で広く使用されている遺伝子または他のDNA配列である。そのような分析に適したMGMsの特性は、比較的保存された配列組成(論文より ref.2)と同様に、種を越えたそれらの普遍的な存在である。真核生…

メタゲノムから特定の種のリードを得る MetaObtainer

微生物ゲノム研究は通常、実験的限界のために1つの細菌株に焦点を当てる。この種の方法は、少なくとも2つの欠点を有する:(1)微生物の99%以上が未知であり、栽培または単離することができない。 (2)生息地の微生物が互いとその宿主に対して様々な機能的…

   真核生物ゲノムにも対応したReference-assisted assemblyツール MEDUSA

ショートリードシーケンシングデータのデノボアセンブリでは、通常、断片化された配列セット(コンティグ)が生じる。このようなコンティグの順序および方向の決定は、ゲノムのFinishingに向けた最初の些細ではないステップを表しており、手動編集を必要とす…