macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2018-03-19から1日間の記事一覧

   ロングリード単独またはNGSとの併用でコンセンサス配列を得る Sparc

以前の世代と比較して、第3世代シークエンシング(以後 3GS)は5〜120 kbのリードを得ることができる。しかし、現時点で報告されているエラー率はPacBioシークエンシング(論文より Koren et al、2012)で約15%、オックスフォードナノポア配列決定(Laver e…

似たゲノムと比較してアセンブリのFinishingをサポートするwebツール CONTIGuator2

NGS解析技術の発展により特にバクテリアのゲノム解析が容易になり、関連するゲノムの数も劇的に増加した。しかしゲノムのアセンブリは簡単に自動化することはできない。 事実、ドラフトのギャップを埋めるために、一連のPCRを設計しなければならない。 この…

高速な重複の検出ツール DuplicationDetector

重複は、植物ゲノム構造の重要な特徴であり、単一の遺伝子、染色体の一部や全体、さらには全ゲノムを含む可能性がある [論文より ref.1]。被子植物は、それらの進化に沿って大規模な重複および複数の全ゲノム重複を受けたことが示されている[ref.2]。重複遺…

高速なラージゲノムのハイブリッドアセンブルツール DGB2OLC

第3世代シークエンシング技術は、アセンブリの品質を大幅に向上させた。 しかしながら、効率的なゲノムアセンブリアルゴリズムが欠如していることは、間違いなく第3世代シーケンス技術の普及への最大の障害となっている。高い誤り率は、ロングリードのアセン…

シングルセルにも対応したシーケンスデータの削減と正規化ツール NeatFreq

Multiple displacement amplification(MDA)は、培養できない生物のシングルセルシーケンスおよびゲノムアセンブリを可能にする[ 論文より ref.1]。 MDAはまた、メタゲノムシーケンシングでの使用のために低バイオマス環境サンプルからDNAを増幅するために…