macでインフォマティクス

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NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2018-03-11から1日間の記事一覧

   シングルセルの汚染を検出する ACDC

シングルセルシーケンスの主な課題は、コンタミの可能性とその検出である[論文よりref.7]。標的ゲノムに属さない外来DNAは、複数の方法で試料に導入され得る。コンタミの原因には、全ゲノム増幅試薬が含まれる可能性すらあり得る[ref.8、9]。これらの障害を…

教師なしトリミングツール UrQt

信頼性の低いヌクレオチドがあると、後の分析において偽陰性および偽陽性の数を増加させるか、またはデノボアセンブリにおいて誤ったk-merを生成し、アセンブリを複雑にして誤ったアセンブルを引き起こす可能性がある[論文より ref.4]。信頼性の低いヌクレオ…

バクテリアをstrainレベルで検出する StrainSeeker

病原性細菌の検出には、細菌病原体を迅速に同定する必要がある。このために、通常、病原体は単離され、PCRや全ゲノム配列が行われる。分子タイピングの主な目標の1つは、病原体をクローン群に分類することである。なぜなら、同じ種の系統は宿主に対して大き…

ウィルスのintegration部位を検出する Virus-Clip

ウイルス感染は、様々なヒト悪性腫瘍の共通の危険因子である。例えばB型肝炎ウイルス(HBV)は、感染時にヒトゲノムに組み込まれ、発癌にかかりやすい遺伝子機能の破壊をもたらすことがある。過去には、PCRに基づきウィルスを検出していたが、制限が多かった…

FASTQ、BED、BAMを操作するNGSUtilsその4 gtfutils

gtf

4回目はgtfを操作するgtfutilsを紹介する。 インストール 公式ページ NGSUtils git clone git://github.com/ngsutils/ngsutils.gitcd ngsutils/make #依存がインストールされる(詳細はwebマニュアル参照) $ gtfutils Usage: gtfutils COMMAND Commands Ge…