macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2018-02-22から1日間の記事一覧

エラーを除去しながらペアリードをマージする CASPER

ペアエンドシーケンスからのフォワードリードとリバースリードのマージは、ゲノムアセンブリやマッピングなどのダウンストリームタスクのパフォーマンスを大幅に向上させる(インサートサイズの問題には触れない)。しかしエラー率はシーケンス限界が近づく…

エラーコレクションツール Trowel

最も広く適用されてきたエラー訂正方法は、スペクトルアラインメントの手法で(Pevzner et al。、2001)、これはk -merスペクトルに依存したアルゴリズムとなる。すなわち、与えられた閾値よりも頻繁に発生するk -mer(solidまたは 'trusted')と頻度の低いk…

454のホモポリマーに対応したエラーコレクションツール HECTOR

多くの誤り訂正方法が開発・発表されているが、454のホモポリマーを明示的に対象としたエラー訂正ツールはほぼない(2014年時点)。 ホモポリマーのindelは454パイロシークエンシングの主要なシークエンシングエラーの1つで、ホモポリマーエラーが あるせい…

簡易なメタゲノムもシミュレートできるfastqのシミュレータ GemSIM

GemSIMは汎用フォーマットのSAMおよびFASTQ(IlluminaおよびRoche454を含む)と互換性のあるシングルエンドまたはペアエンドのリードを生成できるNGSのシミュレータ。ユーザーが比率を指定することで、簡単なメタゲノムのシミュレートを行うこともできる。 P…