macでインフォマティクス

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NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2018-02-13から1日間の記事一覧

bamの分析に使うバイオインフォマティクスのツールキット goleft

goleftはMIT licence下で提供されているバイオインフォマティクスのツールキット。GO言語で構築されている。 インストール Github https://github.com/brentp/goleft リリース(リンク)からosx向けバイナリーをダウンロードできる。パスの通ったディレクト…

ペアエンドリードを使いミスアセンブリを検出する misFinder

ミスアセンブルを検出するツールにはQuest、GAGEなどがあるが、これらのツールはミスアセンブルとリファンレスの違いを区別せず全て報告する。そのため、ミスアセンブルのみを検出するには通常さらなる工夫が必要になる。 一方、CGALやALE、REAPRはDe novoの…