macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2018-02-03から1日間の記事一覧

GC-skewと複数アセンブルデータを使ってバクテリアのゲノムアセンブリを改善するGUIツール GFinisher

GFinisherはゲノムのアセンブルで得たコンティグを、似たゲノムの情報と他のアセンブルツールのコンティグ情報を使い、contiguityを改善するツール。始めに似たゲノムにコンティグを貼り付け、他のコンティグ情報も使いターゲットのコンティグを並べ替える。…

ロングリードやcontig情報を使いスキャッホールドのギャップを埋める GMcloser

2019 9/4 インストール追記 NGSのリードやアセンブルしたコンティグを使い、スキャッホールドのギャップを埋めるツールがいくつか発表されているが、オーサーらは、これらのツールに起因するアセンブリのエラー率が、デノボアセンブルで起こるエラー率よりも…

アセンブルのギャップクローズを支援する GapBlaster

GapBlasterは、ゲノムのアセンブリで得られたコンティグを用いて、NNNで繋がったスキャフォールドのクローズを支援するjavaのツール。GUIで動作する。アセンブリで得られたコンティグをblast+/legacy blast/mummerの新井面ツールでスキャホールドにアライメ…