macでインフォマティクス

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NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2018-01-31から1日間の記事一覧

リファンレンスガイドのトランスクリプトのアセンブル strawberry

ゲノムガイドのRNAのアセンブル法は、遺伝子アノテーション情報を使わず、RNA-Seqデータから転写物の再構成を行う方法である。 Strawberryは ゲノムガイドのアセンブリと定量の2つのモジュールで構成されており、ゲノムガイドのアセンブルではbamをスプライ…

リファンレンスガイドのトランスクリプトのアセンブリツール Scallop

Scallopは、リファンレンスガイドのトランスクリプトのアセンブルツール。 マルチエキソンの転写物や低発現の転写物を組み立てる際の高い精度を特徴とする。ヒトRNA-seqサンプルでは、ScallopはStringTieおよびTransCombよりも34.5%および36.3%正確なマル…