macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2018-01-21から1日間の記事一覧

複数のトランスクリプトームをマージするtransfuse

transfuseは、フィルターを満たすtranscriptsをクラスタリングし、融合したtranscriptsを作るツール。複数のRNA のアセンブルツールで合成されたtranscriptsをマージし、よりハイグレードなtranscriptsを作るために用いられる。現在、論文準備中とされる。 …

超高速にRNA seqのリードカウント(定量)を行う salmon

2019 2/15 動画リンク追加 salmonは豊富なbiasモデルを取り込み、高速、高精度、堅牢なRNAseqの発現定量を行う方法論。 kallistoやeXpressと比べて、同じFDRで2倍以上精度が高い(DEG判定された遺伝子が2倍以上少ない=false positiveが少ない)というデータ…

リピート領域をマスクしてプライマー設計を支援するPrimer3_maskerと、プライマーを作成するprimer3

#2018 9/20 brew によるインストールとprimer3のコマンド追加 2018 10/22 わかりにくい部分を修正 Primer3_maskerは、ゲノムに対してk-mer頻度のデータベースを構築し、プライマーが高頻度に結合する配列をマスクすることで、特異的なプライマー設計が行える…

rRNAのコンタミを除く SortMeRNA

SortMeRNAはメタトランスクリプトームやメタゲノムのシーケンスデータからrRNAを高感度に検出し、フィルタリングするツール。出力はfasta、fastq、アライメントのsam、またblastライクな出力も可能である。Illumina, 454, Ion Torrent and PacBioのシーケン…

古いサンプルのデータ (fastqやbam) から効率的にアダプターを除く leeHom

古いDNAが断片化したサンプルからのシーケンスが増えている。しばしば数万年前のサンプルからも抽出される古代のサンプルのDNAは断片化が起きており、うまくDNAを抽出してもサイズが100-bpを超えることは滅多にない。短いDNAをペアードエンドでシーケンスす…