macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2018-01-20から1日間の記事一覧

RNA seqのクオリティチェックツール QoRTs

RNA-Seqは特定のバイアス、アーティファクトを受けやすく、 堅牢で包括的なクオリティチェックが重要になる。とくにサンプル調製、ライブラリー作成、またはシークエンシングのエラーは、 予期せぬアーティファクト、バイアスを引き起こす。適切に処理できる…

高頻度なk-merを効率的にカウントする Turtle

k-merを用いたde Bruijnグラフ構造は今日普及しているゲノムアセンブルの中核であり、多くの方法論で使われている。k-merはCeleraのようなOLCのアセンブルツールでも重複のシードを用いるのに使われている。また、いくつかのエラー訂正ツールは、k-merの頻度…

バーコードやアダプターをトリミングする AdapterRemoval v2

化石のようなサンプル(リンク)や昔の人の骨、歯から断片化したDNAを抽出してシーケンスシーケンスすることが増えており、それに伴ってアダプターに5'と3'両側が汚染されたシーケンスデータが増えてきている。AdapterRemoval は柔軟なパラメータセットを持…

並列化に対応し、高速にバーコードやアダプターをトリミングする FLEXBAR

FLEXBARはMultiplexで読んだシーケンスのdemultiplexやアダプタートリミングに使われるツール。柔軟な条件でランできる。よく使われているらしく、現在Flexbar3まで発表されている。解析時間は短く、100Mのリードなら数秒〜10秒程度の時間でアダプターをトリ…