macでインフォマティクス

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NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2018-01-16から1日間の記事一覧

リファレンスを使わないRNA seqのアセンブル評価ツール RSEM-EVAL(DETONATEパッケージ)

2018、8/9 誤字脱字修正 RNAシーケンシング(RNA-Seq)技術は、トランスクリプトームの大規模分析を可能にすることによって、ゲノムの配列がまだ決定されていない種の研究に革命をもたらしている。このようなトランスクリプトームを研究するためには、ゲノム…

RNAのリファレンスガイドアセンブリを行いDe novo RNA seqの精度を上げる BRANCH

非モデル生物のDe novo RNA seq解析は断片化したRNAしかできないので、DEG解析が困難となる。BRANCHはそういった不完全なRNAに対して使う方法論で、近縁種のゲノム、またはcontigの情報をRNAのガイドとして利用し、アセンブルの精度を高める方法論。ゲノムの…