macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2018-01-12から1日間の記事一覧

シングルコアでも高速なRNA seqのアライナー RapMap

RapMapはRNAのアライナー。非常に高速で、ほかのツールと比較すると、Bowtie2より数十倍高速で、高速なSTARと比べても2倍以上高速にアライメントできる(Figure2参照)。アライメントが 具体的には7500万のリードをヒトトランスクリプトームに10分程度でア…

Synteny blockを検出して、染色体の類似領域を可視化する Cinteny

Cintenyは類似の生物間のゲノム配列を比較し、Synteny block(wiki)で描画するツール。人やマウスなどのデータについてはビルド済みのwebサーバーが提供されており、すぐにゲノム比較を行うことができる。 webサーバー http://cinteny.cchmc.org 使い方につ…