2018-01-12から1日間の記事一覧
RapMapはRNAのアライナー。非常に高速で、ほかのツールと比較すると、Bowtie2より数十倍高速で、高速なSTARと比べても2倍以上高速にアライメントできる(Figure2参照)。アライメントが 具体的には7500万のリードをヒトトランスクリプトームに10分程度でア…
GUIツール
結果の視覚化 (visualization)
ゲノム比較 (comparative genomics)
human genome
synteny_block
2007
BMC Bioinformatics
Cintenyは類似の生物間のゲノム配列を比較し、Synteny block(wiki)で描画するツール。人やマウスなどのデータについてはビルド済みのwebサーバーが提供されており、すぐにゲノム比較を行うことができる。 webサーバー http://cinteny.cchmc.org 使い方につ…