macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2018-01-11から1日間の記事一覧

ゲノムを比較し、染色体間の組み替えを可視化する SMASH

SMASHは2つの相同なゲノム(染色体)を比較し、組み替えを見つけて結果をビジュアル出力できるツール。解析にはNGSのデータなどは必要としない。純粋にchromosomeの配列だけを使って相同性のある部位や組み替え部位が検出される。霊長類のような大きなゲノ…

ターゲットゲノムにしかない配列を探し出すEAGLE

EAGLEは指定したゲノムにしかない配列を検出するツール。論文では、EAGLEを使い、ヒトゲノムのどこにもない、エボラウィルスからしか見つからない14merの配列を検出している。特定の種のみ存在する配列があれば、ユニークなプライマーを設計したり、RNA干渉…

ゲノムデータの圧縮を行うGeCo

GeCoはゲノム(fasta)の圧縮ツール。高効率な圧縮を行うことができる(ロスレスかどうかは不明)。 公式サイト http://bioinformatics.ua.pt/software/geco/ インストール 本体 Github https://github.com/pratas/geco ダウンロードしてビルドする。 brew i…

固有のindex(バーコード)を設計するTagGD

index (バーコード配列) を設計する際は、判別可能かつ無駄のない適切な長さ、増幅バイアスが起きないようなGC含量、実験データとの干渉がないなどを考える必要がある。それに加えて、index配列に塩基置換、indelなどのシーケンスエラーが起きる可能性がある…