macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2018-01-09から1日間の記事一覧

SNVやRNA edittingに適した高精度なRNA seqのアライナー RASER

RNAのシーケンスデータをゲノムにアライメントする場合、イントロンを跨いでリードをアライメントする必要があるため、リードをsplitしてアライメントできるアライナーが使われる(真核生物のRNA seq)。イントロンは数十kbもある可能性があるので、split-al…

Linked readsのシミュレーターLRSIM

Linked readsは、長鎖の単分子DNAをエマルジョンの中に閉じ込めて断片化し、固有のバーコード配列を付加することで、一定の領域内に同じタグ付きのリードを調整する手法。100万くらいの多様なバーコードを持ったライブラリをiiluminaでシーケンスして、バー…