macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2017-12-28から1日間の記事一覧

複数ファイルのk-merをカウントし、共通/固有のk-merを抽出できる Genome Tester4

GenomeTester4はk-merをカウントしたり、操作するためのパッケージ。 固有のk-merを調べたりもできる。 インストール Github https://github.com/bioinfo-ut/GenomeTester4 git clone https://github.com/bioinfo-ut/GenomeTester4.gitcd GenomeTester4/src/…

TopHatのunmapped.bamを修復する TopHat-Recondition

tophatはスプライシングされた領域を跨ぐアライメントが可能なRNAのマッピングツールだが、他のアライメントユーツとは異なり、tophatのすべてのバージョンはアライメントされなかったリードを独自形式で別のbamに書き込む。このフォーマットが理由で、unmap…

TE及び単純反復をDe novoで検出する Red

RedはTE及び単純反復の検出ツール。機械学習を通して訓練された。バクテリアゲノムでのテストでは既存のツールより高速に動作し(バクテリアなら10秒程度)、中程度の偽陽性率であった。よく知られている既存のリピート検出ツールと異なり、ほかのアライメン…

TEなどのリピート配列をDe novoで検出し、マスクするphRAIDER

RepeatMaskerはTEなどの検索によく使われているが、プリコンパイルされたライブラリを必要とする。ゲノム解析された哺乳類では、このプリコンパイルされたライブラリを用いてTE検索が可能になるが、植物で近縁種のゲノムを使った場合、うまくいかないことが…