macでインフォマティクス

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NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2017-12-25から1日間の記事一覧

特異的なプライマーを自動設計する Primer BLAST

2018 11/07追記 2018 11/16 誤字修正 プライマーデザイン時には、GC率が適度か、ヘアピンループを取らないか、ダイマーを作らないかなどはチェックされるが、ゲノム全体で特異的な増幅が可能な組み合わせになっているかどうか調べるのは簡単ではない。特に、…

リファレンスゲノム情報を使ってcontigをソートし、ギャップクローズのPCRプライマーを自動設計するProjector 2

Projector 2はリファンレンスのゲノムを使い、de novo assemblyで作ったcontigをconcatenateして、さらに隣接したcontigを跨ぐ特異的なプライマーを自動設計して、Finishingを助けるツール。contigの接続の指標となる参照するゲノムはドラフトでも使える。リ…