macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2017-12-24から1日間の記事一覧

String graphとde Bruin graphを使ったアセンブルを行う StriDe

De Brujinのgraphを使うde novo assemblyの手法は、OLCのgraphを使った手法が苦手とするエラーが多い領域のアセンブルに強く、大量のリードの処理効率も優れている。しかしながら、リードをk-merサイズに分解するため、k-mer以上の繰り返し配列がある領域の…

エラーコレクションツール FMOC

FMOCは(bwaやbowtieも使っている)FMインデックスを使ったエラー補正の方法論。ハイクオリティなデータセットであるなら、エラー補正能の感度は高いとされる。計算にかかる時間はKarectと同等(karectリンク)。 インストール cent OSに導入した。 本体 Git…

RNAseqのロングリードのアライメントの評価ツール RNAseqEval

ロングリードを使ったRNA seqはまだ情報が少ない。Evaluation of tools for long read RNA-seq splice-aware alignment.というタイトルのこの論文では、PacBioとONT Minionを使い、エラーの多いロングリードがアライナーの種類によってどう扱われれるのか、…