macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2017-12-20から1日間の記事一覧

RNAのエラーコレクションツール Rcorrector

Rcorrectorはシーケンスカバレッジが異なるデータに適応可能なエラー補正の方法論。RNAのNGSデータだけでなく、カバレッジが不均一なシングルセルに対しても適応可能となっている(ウィルスも可能?)。もう一つのRNA用エラーコレクションツールSEECERより1…

エラーコレクションツール ACE

インストール cent OSに導入した。 Github https://github.com/sheikhizadeh/ACE/ brewで導入できる。 パスが通ったディレクトリに移動しておく。 user$ delly ********************************************************************** Program: Delly This…

エラーコレクションツール lighter

インストール cent OSに導入した。 Github https://github.com/mourisl/Lighter git clone https://github.com/mourisl/Lighter.gitcd Lighter/make./lighter #動作確認 ghter]$ lighter Usage: ./lighter [OPTIONS] OPTIONS: Required parameters: -r seq_f…

illuminaのエラーコレクションツール Musket

2018 12/07 コマンド修正 Musketはk-merスペクトルに基づいたエラー補正ツール。他のエラー補正ツールよりメモリ要求量が少ないとされている(ref.1)。 Musket HP http://musket.sourceforge.net/homepage.htm インストール cent OSに導入した。 SourceForg…

BWAに近い精度でかつ数倍高速なマッピングツール FSVA

HiseqX10などの登場でシーケンススループットはますます高まっているが、ソフトの方が追いついていない。200GBのデータを処理するのに、BWA MEMだと1CPU使用で80時間程度かかる(20コアでようやく10-20時間)。解決には分散コンピューティング(e.g., pBWA、Sp…