macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2017-12-19から1日間の記事一覧

エラーコレクションツール BFC

100MBのデータならおよそ10秒程度で処理できる(10スレッド使用時)。 インストール Github git clone https://github.com/lh3/bfc.gitcd bfc/make./bfc -h #動作確認 user$ ./bfc -h Usage: bfc [options] <to-count.fq> [to-correct.fq] Options: -s FLOAT approx genom</to-count.fq>…

エラーコレクションツール karect

De novo assembly時、シーケンスエラーを間違ってscaffoldsに組み込んでしまうと、dead-endのグラフができたり、false positiveの分岐が生じたり、あるいはキメラのパスができてしまう可能性がある。そのため、アセンブル前にエラーと思われるような低クオリ…

アダプタートリミングツール Skewer

Skewerは並列化に対応したアダプタートリミングツール。ミスマッチの閾値を設定し、それ以上の配列を全てトリミングするように設計されている。シングルエンド、ペアードエンド、ロングインサートのメイトペアのシーケンスリードを扱うことができる。Demulti…

アダプター配列を自動検出し、トリミングするPEAT

PEATはアダプターの自動トリミングツール。アダプター配列を入力しなくても、頻出する配列を自動で探し出してトリミングを実行する。並列化にも対応しており、高速なトリミングが可能である。論文中ではChIP-seq、MNase-seq、およびRNA-seqなどのデータを使…

並列化に対応したアダプタートリミングツール Atropos

AtroposはCutadaptのフォークとして開発されたNGSのアダプタートリミングツール。並列化に対応しており、高速に動作する。Cutadaptよりセンシティブで(ミスマッチを考慮する)、miRNAやbisulfite-seq用のトリミングモードも備える。エラー率やアダプター配…