macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2017-12-10から1日間の記事一覧

ゲノムのマルチプルアライメントを行う Mugsy

2019 6/10 インストール追記 Mugsyはnucmerを内部で動かし、all against allのペアワイズアライメントを行い、ゲノムサイズのマルチプルアライメントを可能にする方法論。論文では31のバクテリアゲノムを2時間以内に解析できたと記載されている。 公式サイ…

メガサイズのマルチプルアライメントや数千の配列のマルチプルアライメントが可能なFSA

2019 7/29 condaインストール、help追記 公式サイト http://fsa.sourceforge.net Q&A FSA Frequently Asked Questions ダウンロード sorceforge https://sourceforge.net/projects/fsa/ 解凍して、中に入りビルドする。 ./configuremakemake installfsa -h #…

近縁な何百~何千のバクテリアの系統解析を行うGubbins

ハイスループット第二世代のDNAシーケンス技術が導入されて以来、細菌集団の系統力学を推定するために使用されるデータセットのサイズが非常に大きくなってきている。多くの系統学的手法は数百の細菌ゲノムに拡張可能であるが、配列の水平転移のメカニズムが…