macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2017-12-10から1日間の記事一覧

ゲノムのマルチプルアライメントを行う Mugsy

2019 6/10 インストール追記 Mugsyはnucmerを内部で動かし、all against allのペアワイズアライメントを行い、ゲノムサイズのマルチプルアライメントを可能にする方法論。論文では31のバクテリアゲノムを2時間以内に解析できたと記載されている。 公式サイ…

メガサイズのマルチプルアライメントや数千の配列のマルチプルアライメントが可能なFSA

2019 7/29 condaインストール、help追記 公式サイト http://fsa.sourceforge.net Q&A FSA Frequently Asked Questions ダウンロード sorceforge https://sourceforge.net/projects/fsa/ 解凍して、中に入りビルドする。 ./configuremakemake installfsa -h #…

近縁な何百~何千のバクテリアの系統解析を行うGubbins

GubbinsはpyhtonとCで実装されたごくごく近縁なバクテリアの系統解析やSNV検出を行う方法論。 インストール Github https://github.com/sanger-pathogens/gubbins brewで導入できる。 brew install gubbins ラン ランにはマルチプルアライメント実行済みのフ…