macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2017-12-01から1日間の記事一覧

SNPsをエラーとして扱わないマッピングが可能な mrsFAST-Ultra

mrsFAST-UltraはSNPsに対応した次世代リードのアライメントツール。 mrsFASTの改良版となる。既知SNPsを許容しながら(ミスマッチとして扱わないためidentityが上がる)アライメントを行うことができる。indexファイルの軽量化にも成功しており、bowtie2でin…

mVISTAでゲノムを比較する

mVISTAはJGIから提供されているメガベースのゲノム比較を行い、その結果を可視化するパッケージ。webサーバー版があり簡単に実行することが可能である。内部ではAVIDやLAGANが動作している。 公式ページ VISTA tools - enome.lbl.gov about VISTA About mVIS…

メタゲノムデータからvirusゲノムを検出するVIP

VIPはメタゲノムデータからホスト由来のコンタミリードを除き、virus由来のリードをアセンブルしてviursを分類・検出するパイプライン。クオリティトリミングからvirusのデータベースにリードをアライメントして照合することまで自動化されており、シンプル…