macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2017-10-26から1日間の記事一覧

ハイブリッドアセンブリにも対応したショートリードアセンブラ Unicycler

2019 1/11 追記 2019 4/12 dockerリンク追加 2019 5/27 help all追加 現在、バクテリアゲノムはIlluminaシーケンシングプラットフォームによって支配されている。イルミナのリードは正確で、ベースあたりのコストが低く、全ゲノムシーケンシングの普及が可能…

ハイブリッドアセンブルを行うquickmerge

quickmergeは、ロングリード情報を使い、アセンブルのcontiguityを向上させるツール。特にロングリードのカバレッジがmodestな時にcontiguityが大きく向上するとされる。他のツールのアセンブル結果を入力ファイルとする。 インストール Github https://gith…