macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2017-10-17から1日間の記事一覧

トランスポゾン検出ツール6 Tangram

Tangramはトランスポゾンの検出に特化した構造変化検出ツール。SV検出で用いられるread-pairとsplit-readのアルゴリズムを使い高感度にトランスポゾンを検出する。1000ゲノムでもmobile element検出ツールとして用いられた。トランスポゾン検出ツールは様々…

アダンプタートリミングツール TagDust2

TgaDust2は、アダプター、バーコード、単純リピートなどの不要な情報を見つけて除去するツール。2009年にTagDDustが発表され、その後2015年にTagDust2が発表された。 公式サイト TagDust インストール brewで導入できる。 brew install TagDust brewではTagD…

FASTAを修復するEMBOSSのseqretコマンド

2019 6/19 インストール追記 2019 7/15 タイトル修正 2019 8/7リンク追加 FASTAをいじっていると、何らかの拍子に構造がおかしくなってsamtoolsのindexでsegmentation errorを起こすことがある。途中に空行ができていたり、特殊文字が入っていたり、何らかの…