macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2017-10-07から1日間の記事一覧

ナノポアのロングリードのトリミングやフィルタリングを行うNanofilt

2019 2/14 コマンド追加 2019 5/19 ヘルプ追加、パラメータ変更 2019 12/30並列処理例追加 2020 10/10 リンク追加 nanofitはナノポアのロングリードのクオリティトリミングができるツールである。 インストール Github https://github.com/wdecoster/nanofil…

ナノポアのロングリードの長さやクオリティを分析するnanostatとNanoPlot

2019 5/19 インストール追記 2019 9/7コメント追加2020 1/4 インストール手順仮想環境に導入するように修正 2021 9/17 追記 2022/04/20 インストール追記 (python=3.5 => python=3.8 ) ショートリード用のクオリティ分析ツールはナノポアのロングリードでは…

SV検出結果のVCFファイルを統合する mergeSVcallers

構造変化検出結果はツールによって得手不得手があるため、網羅的にSVを検出するためには、現状複数ツールを並行して走らせるのが理想とされる。そのため、複数のツール結果を統合して弱点を無くすような方法論も出て来たりしている。しかし、ツールによって…