macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2017-10-07から1日間の記事一覧

ナノポアのロングリードのトリミングやフィルタリングを行うNanofilt

2019 2/14 コマンド追加 2019 5/19 ヘルプ追加、パラメータ変更 nanofitはナノポアのロングリードのクオリティトリミングができるツールである。 インストール Github https://github.com/wdecoster/nanofilt https://github.com/wdecoster/NanoPlot conda i…

ナノポアのロングリードの長さやクオリティを分析するnanostatとNanoPlot

2019 5/19 インストール追記 2019 9/7コメント追加 ショートリード用のクオリティ分析ツールはナノポアのロングリードでは機能しないので、専用のツールが必要である。nanostatとNanoPlotはWouter De CosterさんがGithubで公開しているナノポアのロングリー…

SV検出結果のVCFファイルを統合する mergeSVcallers

構造変化検出結果はツールによって得手不得手があるため、網羅的にSVを検出するためには、現状複数ツールを並行して走らせるのが理想とされる。そのため、複数のツール結果を統合して弱点を無くすような方法論も出て来たりしている。しかし、ツールによって…