macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2017-10-01から1日間の記事一覧

アセンブリのエラーやギャップ(NNN)を検出し、ポリッシュしたFASTAを出力するPilon

2018 8/31 タイトルと紹介文修正 2018 11/5 タイトル修正 2019 1/11 追記 2019 3/3ラストにnanopore long read追記 2019 4/12 ラストにpacbio long read追記 2019 6/12 リンク追記 2019 6/27 merged.fq追記 2019 7/15 追記 2019 9/29 追記 何百というバクテ…

環状ゲノムを探す ccontigs

ccontigsはコンティグ末端の配列がオーバーラップしているかどうか調べることで、コンティグからclosed circularなゲノムを探すツール。環状のプラスミドやウィルスを検出できるとされる。論文にはなっていない。 ただし直鎖状コンティグでも末端が重複して…