macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2017-09-22から1日間の記事一覧

small RNAをアノテートする ShortStack

ShortStackはsmall RNA seqのデータをリファレンスゲノムにアライメントし、small RNAのlociをアノテートするツール。改良が続けられており、2報目の論文では、高速化の他、複数のシーケンスデータの入力、bowtieによるアライメントなどに対応した。 テスト…

メタゲノムからビニングしたゲノムが完全か、またコンタミがあるか評価する CheckM

2018 10/7 文章訂正 2018 10/12 dockerコンテナを使ったランの流れ追加 2019 4/11 dockerを使ったランで表も保存するよう修正 2019 6/16 インストール追記 ドラフトゲノムからゲノムの完全さを正確に見積もるには、ゲノムの完全さと汚染の度合いの正確な推定…