macでインフォマティクス

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NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2017-09-17から1日間の記事一覧

bamに塩基置換やindel変異を起こすbamsurgeon

bamsurgeonはガンの原因となる体細胞突然変異をシミュレートするために構築されたbamに対する変異導入ツール。ユーザーが用意したリストを元にして、bamに不完全な変異や構造変化を引き起こす大きな変異を導入することができる。2015年にnature methodsに発…

QC、エラー修復、トリミング、レポート作成を自動実行する AfterQC

AfterQCはfastqのフィルタリング、トリミング、エラー修復、およびクオリティチェックを全て自動で行なってくれるツールである。エラー修復はオーバーラップするペアードエンドリードのクオリティを比較して実行される。2017年に論文が発表された。 インスト…