macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2017-09-16から1日間の記事一覧

VCFを管理、編集する VCFtools

2019 4/16 condaインストール VCFtoolsは、バリアントコールフォーマットのVCFファイルのマージ、ソートやフィルタリング、固有変異の抽出などができるツール。 よく使いそうなコマンドに限って紹介する。 マニュアル https://vcftools.github.io/perl_modul…

マルチプルアライメンントのトリミングツール trimAI

マルチプルアライメントを行うとアライメントがほとんどできない領域ができることがあるが、そういった領域は情報として利用するのが難しいため、一般的に除去しても問題にならない。trimAIはラージスケールにも対応したマルチプルアライメントのトリミング…