macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2017-09-11から1日間の記事一覧

メタゲノムcontigのカバレッジ、GC、taxonomy情報を可視化して分析できる BlobTools

アセンブリしたcontig中に、アセンブリツールのアーティファクトやコンタミ由来のcontigが混じることは頻繁に起きる。そのため、アセンブリのクオリティチェックの一つにターゲットとなる生物以外の配列がどれほど混じっているか見積もることが重要になる。B…

アセンブルのgraphを可視化する GUIツール Bandage

2018 9/19 コマンド修正 2018 11/17 文章修正 bandageはde novo assemblerのfastgファイルを入力として、graphパスを描画してくれるツール。て2015年に論文が発表された。 インストール 公式サイト 公式サイトからdmgファイルをダウンロード。指示にしたがっ…